ЭлБиб

156

QTL посредством вычислений, наиболее часто используемых пользова-

телем. Кроме того, она написана вместе с дополнительным программ-

ным модулем построения (структурирования) программной системы,

что позволяет ее расширять. QGENE начиналась в 1991 году как про-

грамма для картирования и моделирования популяций, в которую потом

была добавлена возможность QTL анализа. Сравнительно недавно

QGENE была переписана на языке Java, что позволяет ее использование

на любом компьютере с любой оперативной системой. Она предлагает

наиболее общепринятые методы QTL картирования и позволяет их па-

раллельное (одновременное) сопоставление. Ее интерфейс по желанию

может быть описан на языке пользователя, для этого необходимо само-

стоятельно написать трансляционный файл к программе. QGENE может

быть использована для анализа признаков, QTL и пермутаций (матема-

тических перестановок), а также моделирования популяций и призна-

ков.

Некоторые пакеты ПО могут быть использованы для построения

карт сцепления у отдаленных скрещиваемых видов растений. Например,

программа

ONEMAP,

созданная на языке программирования

предос-

тавляет такие возможности. Для этого используют семейства полных

сибсов, полученных в результате скрещиваний неблизкородственных ро-

дителей

[144]).

Другим ПО является MAPQTL — программное обеспечение, предна-

значенное для расчета позиций QTL (

MapQTL/; [391]

), которое может быть использовано для нескольких ти-

пов картирующих популяций, включая BC

, F

, RIL, DH

и семейства

полных сибсов, полученных в результате скрещиваний неблизкородст-

венных родителей. Она может быть применена для картирования QTL

посредством интервального, композитного интервального и непарамет-

рического картирования, с функцией для автоматического кофакторно-

го отбора и проведения теста пермутации.

Несколько компьютерных программ для картирования рассматри-

вают эпистаз (взаимодействия неаллельных генов) при картировании

QTL. EPISTACY

— это SAS программа, созданная для тестирования

всех возможных двулокусных комбинаций для эпистатических взаимо-

действий или эффектов количественных признаков. Программа является

Электронная Научная СельскоХозяйственная Библиотека