ЭлБиб

160

Другие пакеты программного обеспечения включают в себя про-

грамму мультиаллельного межаллельного неравновесного анализа

(Multiallelic Interallelic Disequilibrium Analysis Software, MIDAS),

кото-

рая была разработана для анализа и визуализации межаллельного не-

равновесия между мультиаллельными маркерами

(http:/

/www.oege.org/ software/midas/index.shtml,

[146]

) и PEDGENIE

(http://www-genepi.med. utah.edu/Genie/PedGenieDetail.html

[23]

), которая создана как универ-

сальное средство для анализа ассоциаций и перенос (распределение) не-

равновесия между генетическими маркерами и признаками в семьях

произвольного размера и структуры. В эту программу может быть вве-

дена любая родословная любого размера от отдельных независимых

особей до больших генеалогий. Анализ независимых особей и семей

может проводиться совместно.

GENERECON

(http://www.daimi.au.dk/~mailund/GeneRecon/

)

—

другая программа, которая применяет для ассоциативного картирования

теорию сращивания (слияния). Она основывается на методе Монте

Карло по байесовской схеме цепи Маркова для тонкого ассоциативного

картирования, используя при этом высокоплотные маркерные карты у

животных. GENERECON предлагает недвусмысленные модели генеало-

гии образца в случае родственных хромосом по локусу, обуславливаю-

щему заболевание. Исследуемый случай и данные контроля представ-

ляются в виде информации о генотипе или гаплотипе, при этом про-

грамма производит оценку ряда параметров, наиболее важный из кото-

рых установление позиции локуса заболевания на хромосоме

[233].

6.3.2.

Полногеномное ассоциативное картирование

Исследования по полногеномным ассоциациям (

genome-wide

association, GWA) на сегодня довольно часто применяют для нахожде-

ния связи между генетической изменчивостью и общими заболеваниями

у человека, а также агрономически важных признаков у растений. В

идеале хорошо оснащенные GWA исследования включают в себя изме-

рения сотни тысяч полиморфизмов, выявляемых на уровне единичного

нуклеотида (

single nucleotide polymorphism

; SNP) у тысяч особей. Чис-

тый объем данных, генерируемый этими экспериментами, порождает

очень высокие аналитические запросы. В ней есть ряд важных этапов,

Электронная Научная СельскоХозяйс венная Библиотека