ЭлБиб

161

которые необходимо пройти в процессе анализа этих данных, многие из

которых представляют собой критические моменты, ограничивающие

производительность системы. Данные должны быть загружены и анали-

зированы для выполнения изначального контроля качества до начала

процедуры тестирования неравновесного сцепления. Оценка результа-

тов может включать последующий статистический анализ, например,

тест пермутаций, или последующий контроль качества ассоциирован-

ных маркеров, например, проверка недоработанных интенсивностей ге-

нотипирования. Наконец, существенные ассоциации должны быть рас-

положены в соответствии с приоритетом, используя для этого функцио-

нальные и биологические методы интерпретации, просмотр и редакти-

рование имеющихся в распоряжении биологических примечаний и по-

яснений, информационных путей и модели неравновесного сцепления

[294]

. GOLDSURFER2 (GS2) универсальная программа для анализа и

визуализации GWA исследований была предложена (

[294];

http://www.well.ox.ac.uk/gs2)

. GS2

— это интерактивное, удобное для

пользователя графическое приложение, которое может быть использо-

вано на любых этапах GWA проекта от контроля качества исходных

данных и анализа биологической оценки до проверки достоверности

полученных результатов. Программа составлена на языке Java и может

быть использована на всех платформах. С помощью GS2 очень большие

наборы данных (например, 500000 маркеров и 5000 образцов) могут

быть качественно оценены, быстро проанализированы и интегрированы

в информацию о геномных последовательностях. При этом могут быть

отобраны и функционально оценены кандидаты SNP.

Другие программные средства, предназначенные для исследова-

ний GWA, включают: GENOMIZER — не зависящая от типа операци-

онной системы Java программа, определенная для анализа GWA экспе-

риментов

(http://www.ikmb.uni -kiel.de/genomizer

), PLINK

— набор инст-

рументальных средств программирования, разработанный для полноге-

номного анализа неравновесного сцепления (

http://zzz.bwh.harvard.edu/

plink/; [306]), MAPBUILDER

— созданная для широкого хромосомного

ассоциативного картирования (

http://bios.ugr.es/BMapBuilder;

[20]

) и

калькулятор расчета степени ассоциаций с двустадийной композицией

(Calculator for Association with Two Stage design, CATS), который рас-

Электронная Научная СельскоХозяйствен ая Библиотека