ЭлБиб

154

Программным обеспечением со сравнительными функциями яв-

ляется CMAP, которое было разработано, как основанное на использо-

вании интернет

технологий, средство, позволяющее пользователям ви-

деть сравнения генетических и физических карт. Пакет программы

включает в себя инструменты для исправления данных карт

; [399]).

.2. Картирование

QTL,

основанное на сцеплении

В экспериментах по картированию было продемонстрировано

сцепление/ассоциации между целевыми признаками/генами и молеку-

лярными маркерами

которое основывается на генетическом сцеплении

и неравновесном сцеплении (LD). Средства технической поддержки,

необходимые для установления ассоциаций генотип

фенотип, обычно

включают в себя: (1) статистические методы и программные средства

для установления, оценки и сравнения ассоциаций генотип

фенотип по-

средством картирования сцепления, LD или ассоциативного картирова-

ния и картирования

in silico

, использующие для этого единообразные

популяции, множественные популяции или все генетические ресурсы со

всей доступной информацией обо всех разнообразных испытаниях по

годам, временам года и местам их проведения; (2) статистические мето-

ды и программные средства для идентификации эффектов генетическо-

го фона или генетической среды окружения, аллелях локусов количест-

венных признаков (QTL) во множественных локусах и множественных

аллелях в локусе; (3) программные средства, облегчающие процесс

оценки от сцепленных маркеров до функциональных маркеров и генов

кандидатов; и (4) программные средства, облегчающие управление ге-

нетическими популяциями, картами и сопутствующими маркерными и

фенотипическими данными.

Существует много коммерческих и находящихся в свободном

доступе пакетов программного обеспечения

предназначенных для ус-

тановления ассоциаций между маркерными генотипами и фенотипами

признаков. Наиболее распространенными и часто используемыми явля-

ются QTL Cartographer, MAPQTL, PLABQTL и QGENE. Все они опери-

руют только с двуродительскими популяциями, в то время как MCQTL

[190]

также проводит QTL картирование в многоаллельных ситуациях,

Электронная Научная СельскоХозяйственная Библиотека