ЭлБиб

159

.3. Картирование посредством установления

неравновесного сцепления

В последнее десятилетие ассоциативное или

картирование

стало очень популярным. Оно использует неструктурированные попу-

ляции, содержащие неродственных особей, образцы коллекций генети-

ческих ресурсов или случайным образом отобранные сорта

[14, 16]

. До

ассоциативного картирования генотипированные единицы подвергают-

ся статистическому анализу для удаления наиболее существенного фак-

тора — популяционной структуры, которая может быть причиной лож-

ноположительных ассоциаций, возникающих в большей степени из

за

зависящих от обстоятельств, побочных корреляций, чем за счет настоя-

щего сцепления. Для этих целей может быть использована программа

STRUCTURE

(http://pritchardlab.stanford.edu/structure.html;

[304]

). Для

ассоциативного картирования были разработаны некоторые пакеты ПО,

в которые функциональные возможности анализа структуры популяций

уже включены. STRAT, как программа, дополняющая STRUCTURE,

использует структурированный ассоциативный метод для ассоциатив-

ного картирования разрешающий достоверные (действенные) методы

изучения «случай

контроль» даже при наличии структуры у популяции

(https://web.stanford.edu/group/pritchardlab/software/STRAT. html;

[305]).

6.3.1.

Картирование QTL, основанное на

TASSEL

— это универсальная программа для анализа признаков

посредством установления ассоциаций, эволюционных отношений и

сцепления, которая выполняет различные генетические анализы, вклю-

чая ассоциативное картирование, установление разнообразия и расчет

неравновесного сцепления

(http://sourceforge.net/projects/tassel/;

[423]).

Анализ

между генотипами и фенотипами может быть выполнен либо

посредством общей линейной модели, либо смешанной линейной моде-

ли. Общая линейная модель позволяет пользователям анализировать

сложные (комплексные) полевые исследования, взаимодействия с окру-

жающей средой и эпистаз. Смешанная модель разработана для обработ-

ки полигенных эффектов на множественных уровнях связанностей,

включая информацию родословной. Эти анализы позволяют проводить

установление и исследование

у многих видов растений и животных.

Электронная Научная СельскоХозяйственная Библиотека