ЭлБиб

изменными и за то же время не должен образоваться полиморфизм, вы-

званный инсерцией

делецией (инделом). Так, в случае

RFLP

анализа,

сравнение прямого (

) и не прямого методов (

) на модельных последовательностях, показало, что второй при-

меним для значений

менее 0,05 и что использование рестрикционных

ферментов

распознающих в качестве сайта рестрикции четыре пары

оснований (п.о.)

оказывается более предпочтительным по сравнению с

ферментами, распознающими в качестве сайта рестрикции шесть п.о.

[156, 193].

Применение данного метода в отношении продуктов амплифика-

ции, особенно

RAPD

, представляется более сложным, даже если резуль-

таты моделирования являются обнадеживающими [

83]

. Действительно,

гомология амплифицированных фрагментов не всегда постоянна и не-

сомненна, а нуклеотидная замена (особенно на 5´

конце сайта) не обяза-

тельно препятствует амплификации. Поэтому в таких случаях установ-

ление нуклеотидной дивергенции может оказаться недооцененным.

Указанный риск, несомненно, меньше в случае

AFLP

, поскольку допол-

нительные нуклеотиды находятся на 3´

конце, и благодаря этому прави-

ла несоответствия не позволяют провести амплификацию. Теоретиче-

ские расчеты показывают, что методы по выявлению разнообразия на

нуклеотидном уровне во всем геноме, основанные на электрофоретиче-

ских профилях

AFLP

, являются надежными, если

меньше чем 0,10

[184]

. Однако при этом количество вариантов установления разнообра-

зия увеличивается с увеличением

Следует отметить, что почти все эти подходы разработаны для

случаев гаплоидного генома. Для того чтобы распространить их на дип-

лоидные геномы, как предложено ранее [

83]

, должны быть известны ал-

лельные частоты, что наиболее трудно в случае доминантных маркеров

(

этот случай будет рассмотрен ниже

Основная привлекательность непрямого метода заключается в

том, что он предлагает возможность сравнения генетических парамет-

ров, установленных с помощью различных маркеров на уровне всего

генома. Как будет показано в следующих разделах, параметры разнооб-

разия можно определить на нуклеотидном уровне, параллельно то же

самое может быть сделано на уровне аллелей. «Снижение» этих пара-

Электронная Научная СельскоХозяйственная Библиотека