22 / 202
20
стей
G
, в принципе, является индикатором или показателем среднего
числа нуклеотидных замен на сайт узнавания. Подробности методиче-
ских подходов, использованных для установления нуклеотидного раз-
нообразия по шкале генома, описаны ранее для RFLP [
156, 275, 276],
для RAPD [
83]
и для
AFLP [184]
. Здесь мы лишь попытаемся кратко
суммировать принципы этих подходов. Детали математических выкла-
док и расчетов можно найти в оригинальных статьях [
83, 156, 184, 275,
276].
Для примера рассмотрим сайт узнавания длиной
r
(где
r
число ос-
нований). Если время дивергенции
Т
между двумя последовательностя-
ми А и В не слишком велико, то число нуклеотидных замен в данном
сайте соответствует распределению Пуассона с математическим ожида-
нием λ
Т
. Вероятность
Р
того, что сайт узнавания остается неизменным в
течение периода
Т
,
равна:
(3)
Используя уравнение
K
= 2 λ
Т
можно получить для
K
:
(4)
Более того, показано [
275],
что простое отношение может быть установ-
лено между
Р
и
G
:
(5)
Как указывают те же авторы [
275],
Р
может быть найдено с помощью
итеративного метода, принимая (
P
0
=
G
1/4
) в качестве исходного значе-
ния. Значение
G
может быть установлено исходя непосредственно из
электрофоретического профиля:
,
(6)
где
M
AB
обозначает число полос общих для двух последовательностей А
и В, а
M
A
и
M
B
обозначают число полос у последовательностей А и В,
соответственно.
Предположим, что при прохождении эволюционного процесса
полоса сохранилась, сайты узнавания должны при этом оставаться не-
Электронная Научная СельскоХозяйственная Библиотека