30 / 202
28
установления генетической дистанции между ними. Наконец, если дос-
тупны последовательности ДНК аллелей, то ∆
ij
может быть получено
исходя из их нуклеотидной дивергенции
K
(уравнения
(1)
и
(4)
). В ком-
петенции исследователя сделать выбор, каким образом устанавливать
дистанцию между аллелями при измерении разнообразия. Такое реше-
ние, как правило, принимается в зависимости от целей проводимых
изысканий. В случае если необходимо сравнить различные исследова-
ния, и если принимать в расчет ∆
ij
, то тогда должна быть задана или оп-
ределена избранная для измерения консенсусная единица.
1.7.2.
Особый случай доминантных маркеров
Для того чтобы измерить аллельное разнообразие для доминант-
ных маркеров (
RAPD, AFLP),
должны быть известны частоты алле-
лей —
1
(присутствие фрагмента) и
0
(отсутствие фрагмента). При этом,
если популяция (этой популяцией может быть образец ГРР) подчиняет-
ся уравнению Харди
-
Вайнберга, то частота
q
нуль
-
аллеля (отсутствие
фрагмента) может быть определена исходя из частоты
Q
особей, в кото-
рых электрофоретические профили не демонстрируют или не проявля-
ют этот фрагмент:
. В случае же, если популяция не подчиняется
уравнению Харди
-
Вайнберга, частоту
q
[80, 215]
устанавливают так:
,
(11)
где
F
— индекс фиксации, который определяет расхождение (отклоне-
ние) при равновесии между теоретической гетерозиготностью,
Не
и на-
блюдаемой гетерозиготностью,
Но
(
) [168
]. Значение
F
может быть также получено и из известных кодоминантных маркеров,
выявленных у тех же самых изучаемых видов или образцов. Очевидно,
что уравнение (11) можно использовать только, если индекс фиксации
F
является тем же самым, который вычислялся для кодоминантных мар-
керов, использованных при установлении
F
, и тем же для которого оп-
ределялось
q
. Строго говоря, уравнение (11) может быть применено
только для нейтральных маркеров и при сравнимых уровнях мутирова-
ния. Если нет информации по
F
, доступной для изучаемой популяции,
или если есть сомнения в достоверности полученных от различных мар-
Электро ная Научная СельскоХозяйственная Библиотека