ЭлБиб

110

3.5.9.1.

Секвенирование аллелей генов

кандидатов

Присутствие полиморфизма среди аллелей гена

кандидата должно

быть установлено до начала изучения его функций. При этом исследо-

ванию подлежит не только кодирующий район гена, но также и его ре-

гуляторные части. Как показано для

Tb1

кукурузы (см. выше), поли-

морфизм может находиться и в промоторном районе гена. Секвениро-

вание аллельных серий гена

кандидата, найденных в популяции с ми-

нимальным неравновесным сцеплением (

), является другим спосо-

бом, с помощью которого можно подтвердить роль кандидата, напри-

мер, посредством поиска полиморфизма на уровне единичного поли-

морфизма (англ.

single nucleotide polymorphism, SNP

), коррелирующего

с признаком. Достоверная корреляция не предполагает случайных взаи-

моотношений, поскольку

на короткой дистанции может объяснить

наблюдаемую корреляцию. Как минимум, она указывает, что наблю-

даемый полиморфизм признака генетически коррелирует с

SNP.

3.5.9.2.

Определение экспрессии

QTL

или активности генов

кандидатов

Необходимым (но не достаточным) условием отбора кандидата

является то, что уровень его экспрессии (мРНК или концентрация бел-

ка) и/или его активность (для ферментов, транспортеров, транскрипци-

онных факторов и т.п.) должны быть вариабельными в изучаемой попу-

ляции. В дополнение к этому экспрессия или активность

QTL

/гена

должны быть со

локализованы с

QTL

изучаемого фенотипического при-

знака. Разработка высокопроизводительных методов анализа экспрес-

сии транскриптов и белков делает этот подход более легким.

3.5.9.3.

Трансформация

Трансформационный генно

инженерный перенос или трансфор-

мация фрагментов ДНК, несущих предполагаемые

QTL

, в модельные

(и не только) объекты, способна помочь принять определенное решение

относительно исследуемых

QTL

. Однако трансформация может выдви-

нуть специфичные проблемы, связанные с

QTL

, поскольку в целом за-

дача сводится не к комплементированию неактивного гена активным,

а к сравнению эффектов двух активных аллелей гена или

QTL

, что мо-

жет оказаться статистически трудным. Кроме того, гомологичная

Электронная Научная Сель коХозяйственная Библиотека