ЭлБиб

бой молекулу РНК, является метод обратной транскрипции —

полимеразной цепной реакции (РТ—ПЦР).

При проведении обратной транскрипции и амплифика

ции с помощью ПЦР используют олигонуклеотидные прай

меры, находящиеся по краям интересующего нас участка нук

леотидной последовательности. Праймеры должны быть ори

ентированы таким образом, чтобы синтез с помощью ДНК-

полимеразы протекал только между ними, увеличивая число

копий данного участка ДНК. От места выбора праймеров на

матричной РНК зависит специфичность получаемого продук

та в ПЦР.

Для решения поставленной задачи мы использовали ме

тод выравнивания последовательностей биополимеров с алго

ритмом выравнивания последовательностей, основанным на

поиске статически значимых общих участков, на эвристичес

кой процедуре последовательного включения в выравнивание

статически значимых фрагментов. А также была использована

программа OLIGO 4.0 для анализа праймеров.

Нами были отобраны опубликованные нуклеотидные пос

ледовательности некоторых штаммов вирусов КЧС и BVDV.

Несмотря на то, что при сравнении друг с другом различные

штаммы вируса обнаруживают значительную гетерогенность,

были выбраны наиболее гомологичные участки генома вируса

для синтеза комплементарных олигонуклеотидных праймеров,

применеие которых в методе РТ—ПЦР позволило бы выявить

все изоляты вируса КЧС.

Нами вначале была выбрана и использована в реакциях

РТ—ПЦР пара праймеров 15Ар1 и 9Rev, комплементарная

наиболее консервативным участкам последовательности не

скольким штаммам вируса классической чумы свиней. Прай

мер 9Rev использовали для синтеза первой цепи ДНК, ком

плементарной вирусной РНК КЧС, в реакции обратной тран

скрипции, другой — 15Ашр в полимеразной цепной реакции.

Результаты опытов по амплификации кДНК с этими прай

мерами показали, что наряду с амплификацией последова

тельности вируса КЧС, амплифицируется кДНК вируса ВД

КРС. На наш взгляд, это возможно, когда уровень свободной

энергии праймеров ниже уровня свободной энергии прилега

ющих к ним участков нуклеотидной последовательности та

кой же длины. Выбрав с учетом комплементарности и уровня

свободной энергии праймеры 12Rev и 11Атр и проведя ре

акции РТ—ПЦР, мы получили специфические для РНК виру

са КЧС продукты синтеза. В реакциях, где в качестве матрицы

Научная электронная библиотека ЦНСХБ