Аграрная наука Евро-Северо-Востока. Т. 22, N 2

ОБЗОРЫ / REV IE WS Аграрная наука Евро - Северо - Востока / 180 Agricultural Science Euro -North-East. 2021;22(2):167-187 Ординация быков на 2D диаграмме . Ординация – это упорядочение объектов вдоль некоторых осей методами многомерной стати- стики (PCA, PС oA и т.п.) с целью установления связи, классификации и проекции взаимораспо- ложения на плоскости или в пространстве. Диаграмма на рисунке 5 представляет собой результат применения анализа главных коорди- нат ( P rincipal Co ordinate A nalysis, PC oA) к STR - данным. В процессе PСoA исходная матрица размером 84× 84 трансформировалась в более простую матрицу 84 × 2 (где 2 – число размерно- стей), содержащую координаты точек для изоб- ражения ( смысл каждой из координат не имеет значения; главным является взаимное располо- жение точек - быков ). Диаграмма визуализирует STR - вариацию среди быков в общей выборке и существующие в ней структуры. Взаимоотно- шения 84 быков отображены таким образом, что чем больше GD между животными в исход - ной матрице, тем дальше они находятся друг от друга на диаграмме. Числа при Coord.1 и Coord.2 указывают на проценты общей дис- персии, которые приходятся на каждую коор- динату. Так, первая главная координата описывала 13,4 % общей дисперсии в структу- ре данных. Вторая – 10,2 % (третья координата – 6 % , не рассматривается ). Суммарный про- цент дисперсии – это показатель того, насколько полно главные координаты пред- ставляют генетическую изменчивость среди быков - произ - водителей ( информативность PCoA). Отметим, PCoA считается успешным, если первые 2 - 3 координаты выделяют (учи- тывают, объясняют) не менее 80 % общей дис - персии. В нашем случае на две первые коор- динаты суммарно приходилось 23,6 % общей дисперсии (около 30 % на три координаты) . Рис. 5. Ординация быков породных выборок на плос- кости первой и второй глав- ных координат / Fig. 5. Ordination of the bulls of the breed samples on the plane of the first and second principal coordinates Несмотря на 100- 23,6≈ 76 % потерю информации, в исследуемых данных выдели- лись три относительно компактные структуры (кластера), что указывает на наличие генети- чески отличающихся групп животных. Коор- дината 1 отделила голштинские «экотипы» от выборок «красных» пород; координата 2 – джерсейских быков от прочих. В верхнем левом углу расположились производители голштинских «экотипов», справа – быки «красных» пород, в нижнем левом углу – более сегрегированная (отличающаяся по гено- типам) группа животных джерсейской породы. Первые две группы (кластера) перекры- вались незначительно. Однако внутри этих групп имело место высокая STR изменчивость и смешение животных разных породных вы- борок. Это характеризует слабую генетиче- скую дифференциацию (большое генетическое сходство), которая, возможно, есть следствие достаточно сильного потока генов между породами . Если маркировать двух джерсейских быков как «выбросы», то разброс остальных животных этой группы указывал на их боль- шую однородность . Гомогенность и отдалён- ность от двух кластеров , по всей вероятности , есть следствие продолжительной генетической изоляции породы на острове Джерси ( с 1763 по 2008 гг., но с возможностью экспорта животных в разные страны [41]). Ординация выборок на 2D диаграмме . На рисунке 6 представлены проекции генети- ческих отношений семи породных выборок на 2D плоскости, полученных по разным матрицам парных GD. Первые три проекции – на основе матриц F ST(W& C ) - , lin F ST(W& C ) - и F′ ST(W& C ) - дис - танций из AMOVA1, четвертая – по R ST - мат - рице из AMOVA3 (результаты по AMOVA2 были сходны с таковыми по AMO VA1). Электрон ая Научная СельскоХозяйственная Библиотека