Аграрная наука Евро-Северо-Востока. Т. 22, N 2

ОБЗОРЫ / REV IE WS Аграрная наука Евро - Северо - Востока / Agricultural Science Euro-North-East. 2021;22(2):167-187 179 отношений породных выборок ( R 2 М = 96,2 %; 1 - R 2 М = 3,8 %). С матрицей линеаризирован- ных дистанций коэффициент неопределённо- сти был в 2 раза выше – 7,6 %. Особый интерес представляла сопря- жённость F′ ST(W&C) - матрицы с матрицами GD из работы [22]. R М с матрицей по Райту - Нею (F ST ) была 0,966 , с G ST(NEI) - матрицей – 0,982, с мат- рицей несмещенных оценок генетических дис - танций Нея (uGD N ) – 0,977 (все с p perm = 0,001 ). Соответствующие R 2 M были 93,3, 96,4, 95,5 %. Предельно большие R М были получены с мат- рицей коэффициентов « генной дифференциа- ции» Нея - Хедрика (G ′′ ST (HED ) ) – 1,0 и с матри- цей коэффициентов «истинной аллельной дифференциации» Джоста (D EST ) – 0,999 (обе с p perm < 0,001 . Три меры с разными концепция- ми и алгоритмами расчётов : по гетерозиготно- сти (G ′′ ST (HED ) ) , по эффективному числу алле- лей (D EST ) и по AMOVA ( F′ ST(W& C ) ) выявили структуры генетических отношений между породными выборками со 100 % схожестью (заметим, корреляция Мантеля между G′′ ST( HED ) и D EST матрицами была также очень высокой – 0,998 при p perm = 0,002 ). В целом, тесты Манте- ля показали достаточно высокую сопряжён- ность матриц парных GD , полученных разными методами и вариантами AMOVA (кроме R ST ). В работе [38] исследовали GD среди 9 линий балканского низинного скота (Balkan Buša / Busha) и 12 европейских коммерческих пород . Были использованы 10 5 STR - локусов и две меры дифференциации: F ST и D EST . Усред- нённые по всем популяциям оценки составили 0,06 и 0,093 соответственно , по балканским Буша – 0,016 и 0,021, по северо - западным ев- ропейским породам – 0,085 и 0,124. D EST - оценки были выше F ST - оценок в 1,3 - 1,6 раза. Между представленными в статье матрицами попарных GD корреляция Мантеля ( рассчи- танная нами ) составила 0,984 при p perm = 0,0 1. Иные результаты были получены в ра- боте [39] . Авторы изучали 5 исторических и 3 современных российских популяций крупного рогатого скота по девяти локусам STR - мар - керов с оценкой парных GD мерами F ST и D EST . Было сделано заключение, что «...both pai r wise Jost’s D and F ST values in most cases were similar ( Table 3)» . Но данные в статье матрицы парных GD свидетельствовали об обратном. В частно- сти, из 28 сравнений в 15 случаях оценки F ST превышали D EST ; из них в 10 случаях – более чем в 2 раза (имелись различия в 8, 11, 34 и бо- лее раз ) . Рассчитанная нами корреляция Ман- теля составила 0,508, R 2 M = 0,26, а коэффициент неопределённости – 0,74 , что свидетельствова- ло о малом соответствии F ST - и D EST - матриц ( следовательно , и структур генетических взаи- моотношений между породами) . Особенно настораживает то, что F ST - оценки превышали D EST - оценки . По данным литературы в боль- шинстве случаев ситуация, как правило, обрат- ная (см., например, [38] ) . При небольших зна- чениях внутрипопуляционной гетерозиготно- сти (<0,5) иногда F ST может быть больше D EST [11]. Но анализируемые « популяции» имели несмещённые оценки гетерозиготности в диа- пазоне 0,6 44...0,852. Также озадачивают фактически нулевые GD между великорус- ским * и голландским скотом ** ( F ST = 0,006, D EST = -0,008), историческим и современным холмогорским скотом ( F ST = 0,018, D EST = 0,01 6). Между великорусским и современным голш - тинским скотом GD были меньше ( F ST = 0,0 79 , D EST = 0,0 16) , чем между холмогорским и яро- славским ( F ST = 0,174 , D EST = 0,0 71). Отметим , статистики разнообразия характеризуют не только уровень генетических различий [ двух ] популяций, но и степень генетического сход- ства животных этих популяций. В другой российской работе [40] были даны матрицы парных GD между 1 1 породами свиней по 10 STR - локусам. В большинстве случаев (52 из 55) D EST - дистанции превышали F ST ( оценки D EST были выше в 1,3 раза ). Рассчитанная нами корреляция Мантеля сос - тавила 0,83 (R 2 M = 0,69) . Коэффициент неоп - ределённости , равный 0, 31 , указывал на нали- чие заметных отличий в структурах генетиче- ских взаимоотношений между породами при использовании двух мер. Это можно видеть и при сравнении приводимых в [40] филогене- тических дендрограмм (авторы , к сожалению, не указали «правильную» дендрограмму ). ∗ В отчете академика А. Ф. Миддендорфа за 1884 год коровы великорусской породы характеризовалиь как «тасканки» и «горемычки» – мелкие, узкие, беднокостные, размножаемые, в основном, для производства навоза ( Исследование со- временного состояния скотоводства в России. Рогатый скот. В. Отчет А. Миддендорфа. М ., 1884. Вып . 1 . C. 1-50). ∗∗ Корифей российской зоотехнической науки проф. П. Н. Кулешов относил голландскую породу к «древним породам, послужившим к улучшению животноводства до 1700 - 1750 гг.». В частности, он писал: «В отношении крупного рогатого скота можно сказать, что существовала одна единственная голландская порода, выделившаяся из общей массы скота и служившая к улучшению скотоводства во всей Европе; от ней же произошла и наша холмогорская порода» ( Куле- шов П. Н. Породы домашних животных в исторической последовательности их развития (1926 г.). В кн.: Теоретические работы по племенному животноводству. М.: ОГИЗ «СЕЛЬХОЗГИЗ», 1947. C. 209-221). Электронная Научная СельскоХозяйственная Библиотека