Аграрная наука Евро-Северо-Востока. Т. 22, N 2

ОБЗОРЫ / RE VI EW S Аграрная наука Евро - Северо - Востока / 178 Agricultural Science Euro -North-East. 2021;22(2):167-187 Между JER и H-USA выборками F ST(W& C ) -, linF ST(W&C) -, F′ ST(W& C ) - , G ′′ ST( HED ) - и D EST - дистанции были, соответственно, 0, 216, 0, 276, 0,56 3 , 0, 565 и 0, 443 . По программе SpadeR усреднённая по локусам GD была 0, 472, средневзвешенная – 0, 373 с 95 % CI 0, 304... 0, 443. Если предпочтение отдать последней оценке (0, 373 ) , как, на наш взгляд, наиболее обоснованной, и принять её за 100 %, то оценки F ST(W& C ) и linF ST(W&C) были заниже- ны , примерно, в 1,5 раза, F ' ST(W& C ) и G ′′ ST( HED ) – завышены в 1,5 раза, а оценка по Джосту была ниже на 20 %. Тест Мантеля. Чтобы оценить степень сходства/подобия матриц парных GD, исполь- зовали тест Мантеля (корреляцию Мантеля, R M ) с рандомизированной пермутационной (random permutation) проверкой статистиче- ской значимости. Величина R M = 1 указывает на то, что увеличение GD между субпопуля- циями i и j в матрице Х связано с увеличением GD между этими субпопуляциями в матрице Y, т. е. на сходство матриц. В нашем случае – два типа представления данных для AM OVA обеспечивают получение подобных структур генетических взаимоотношений выборок . R M = -1 указывает на противоположный резуль- тат. Величина R M , близкая к нулю, свидетель- ствует о некоррелированности матриц , т. е. разные типы - данных приводят к независимым оценкам парных GD. Между F ST(W&C) и Φ PT матрицами корре- ляция Мантеля была 0,99 при p perm = 0,010. Тесты Мантеля этих двух матриц с R ST - мат - рицей показали более низкие значения R M , соответственно, 0,75 при p perm = 0,05 и 0, 8 0 при p perm = 0,02. R M есть мера линейной зависимо- сти; квадрат R M ( R 2 M ) – это коэффициент детерминации, представляющий долю или процент общей для двух матриц вариации . R 2 M более точно характеризует сопряжённость матриц, а (1- R 2 M ) – долю «необъяснённой» вариации или коэффициент неопределённости . Для рассматриваемых матриц R 2 M составили, соответственно, 98, 56 и 64 % . Если в первом случае коэффициент неопределённости был всего 2 %, то в двух других – 44 и 36 %. Следо- вательно, по вариантам AMOVA1 и AMOVA2 были получены очень близкие структуры гене- тических отношений между породными выбор- ками, тогда как по AMOVA3 породные выбор- ки имели иную структуру генетических взаи- моотношений. В частности, по F S T(W&C ) и Φ PT мерам наибольшие парные GD имели место между выборкой джерсейских быков и всеми остальными; по R ST – между выборкой айршир- ских быков и прочими породными выборками . Первоначальные матрицы GD имели очень тесную взаимосвязь с линеаризирован - ными: R M ≥ 0,995 (R 2 M ≥ 99 %) при p perm ≤ 0,001. Это указывало на незначительное воздействие линеаризации на отображение структуры гене- тических отношений между породными выборками . Также высокой была сопряжён- ность linF ST(W&C) и linΦ PT матриц – 0,994 при p perm = 0,001 (рис . 4) . Вместе с тем , тесты Мантеля этих матриц с lin R ST - матрицей пока- зали более низкие , чем по первоначальным , оценки R M , соответственно, 0,696 и 0,729 при p perm = 0,005. Заметное несходство парных linF ST(W&C) - и linR ST - дистанций можно видеть по разбросу точек на рисунке 4 (справа) при коэффициенте неопределённости 52 %. Рис. 4. Тест Мантеля (R M ) для GD-матриц linF ST(W&C) , linΦ PT и linR ST / Fig. 4. Mantel test (R M ) for GD-matrices linF ST(W&C) , linΦ PT , and linR ST Корреляция Мантеля матрицы стандар- тизированных F′ ST(W& C ) - дистанций с матрицей первоначальной F ST(W& C ) - дистанций была 0,981 при p perm = 0,001. Стандартизация увеличила в разы оценки парных GD , но незначительно повлияла на структуру генетических взаимо- Электронная Научная СельскоХозяйственная Библиотека