Аграрная наука Евро-Северо-Востока. Т. 22, N 2

ОБЗОРЫ / REV IE WS Аграрная наука Евро - Северо - Востока / Agricultural Science Euro-North-East. 2021;22(2):167-187 173 Главный интерес представляли статисти- ки, характеризующие уровень STR - диффе - ренциации породных выборок. Рассчитанная по AMOVA1 статистика F ST (W&C) составила 0,108 или 10,8 % при p perm <0,001. В варианте A MOVA2, в котором внутрииндивидуальная STR - изменчивость игнорировалась, Φ PT - оценка незначительно превышала таковую варианта A MOVA1 и составила 11,5 % при p perm <0,001. В A MOVA3, где расчёты базировались на размерах аллелей, R ST - оценка составила 11 % при p perm <0,001 , что практически эквивалентно значению по AMOVA 1. Полученные величины интерпретируют как «представляющие доволь- но слабую (rather weak) популяционную струк- туру» [11]. Отметим, рассчитанные выше оцен- ки размера эффекта (η 2 ) были лишь на 1- 5 про- центных пункта выше . Полокусные оценки дифференциации. Для исследования степени связности разных мер STR - дифференциации имеющийся набор дан- ных был разделён на 11 псевдонаборов каждый с разным локусом. Все псевдонаборы были обработаны тремя вариантами AMOVA для получения соответствующих полокусных оценок дифференциаций и внутривыборочной гетерозиготности ( c H S ) . В результате сформиро- валась выборка с четырьмя переменными (три оценки AMOVA + c H S ) и 11 записями (локусы). Взаимосвязь между переменными оценивалась непараметрическим коэффициентом корреляции Спирмена (r S ) и тестировалась достигнутым уровнем статистической значимости ( p value ). Между полокусными оценками F ST(W& C ) и Φ PT корреляция Спирмена была 0,99 при p value <0,0001. В то же время между указанными статистиками и R ST значимой взаимосвязи не было установлено (r S для F ST(W& C ) × R ST была 0,28 , для Φ PT × R ST – 0,32 обе с p value = 0,31). При практически равных сводных оценках, отсутствие взаимосвязи между полокусными оценками было неожиданным. Рис. 1. Логарифмы F ST(W&C) -, Φ PT - и R ST -статистик по 11 STR-локусам / Fig. 1. Logarithms of F ST(W&C) -, Φ PT - and R ST -statistics for 11 STR loci Графики рисунка 1 прояснили причину получения таких результатов, именно: лога- рифмы (log 10 ) оценок R ST по шестому, восьмо- му и девятому локусам очень сильно отклоня- лись от таковых по F ST(W& C ) и Φ PT мерам, изме- нение которых по локусам было практически синхронным. Отметим также, коэффициенты вариации полокусных F ST(W& C ) и Φ PT оценок были соответственно 37,8 и 36 ,6 %, в то время как R ST оценок – 91 %! R ST - оценки по локусам имели очень большой разброс, что может характеризовать вариант AMOVA3 не с луч- шей стороны (ненадёжный при оценке по ограниченному числу локусов). Кроме того, имеется мнение, что , если даже мутации строго пошаговые, R ST не всегда является лучше оценкой, чем F ST(W& C ) [ 34] . Это может быть в случае, когда интересующий временной пе- риод короткий, а влияние мутаций сравнительно невелико [21]. Также полагают, что микроса- теллиты почти никогда строго не следуют поша- говой мутационной модели. Поэтому советуют избегать использования R ST - статистики [35] . AMOVA-оценки по иным, чем GenAlEx программам . Была проведена проверка степе- ни подобия статистик дифференциации, полу- ченных по программе GenAlEx, с таковыми при использовании ( на тех же самых данных) модуля AMO VA в других компьютерных про- граммах . Результаты представлены в таблице 3 . Оценки STR - дифференциации породных выборок, F ST(W&C) ( R ST ), имели высокий уро- вень статистической значимости ( p perm <0,001). Все оценки по программе Arlequin были иден- тичны таковым по программе GenAlEx. Поэтому, как представляется, 9 5 % довери- тельные интервалы ( confidence interval, CI) оценок по F ST и R ST мерам, рассчитанные в программе Arlequin , можно приложить и к оценкам по программе GenAlEx . По программе GenePop оценка была идентичной [ GenAlEx ] только в варианте AMOVA1; по варианту AMOVA3 R ST - оценка была на 2 2 % ниже, но не выходила за границы 95 % CI, рассчитанного в программе Arlequin. По программе RST22 были получены две оценки R ST : усреднённая по локусам, рав- ная 0,115, и средневзвешенная (по средним квадратам отклонений ) – 0 ,122. Последняя была на 6,1 % выше, но 95 % C I двух оценок перекрывались, следовательно различие меж- ду ними было статистически незначимым. Оценки по R ST22 были на 4,5 -10,9 % выше, чем в программе GenAlEx, но в пределах 95 % CI, рассчитанного в программе Arlequin. Электронная Научная СельскоХ зяйственная Библиотека