ЭлБиб

Как видно из рисунка, анализируемый участок генома сильно

варьирует в зависимости от штамма. Обращают на себя многочис

ленные нуклеотидные замены, делающие невозможным подбор

праймеров в этой области, позволяющих достоверно обнаруживать

любой из известных к настоящему времени вариантов вируса.

Поскольку нашей задачей был подбор праймеров, которые

позволяют диагностировать любой вирус АБН, мы не рассмат

ривали гипервариабельную область, исключив ее из дальнейше

го анализа.

Используя программы Primer, Primer_premier5, Vector NTI

Suite 9, мы получили набор нуклеотидных праймеров, из кото

рых наше внимание привлекла одна пара, наиболее подходя

щая по нашему мнению для решения стоявшей задачи. Далее

мы приводим ее параметры.

Пара праймеров позволяет амплифицировать продукт с дли

ной в 201 нуклеотид (рейтинг - 171). Регион для амплификации

от 638 до 838 нуклеотида. Температура денатурации 70,2°С, оп

тимальная температура отжига в реакции с использованием

данной пары 46,5 °С, что связано с процентным содержанием

гуанин-цитозина (G-C-составом), равным 33,3.

Прямой праймер имел следующую первичную структуру:

5 ' TCCTTAGGTTGGTTTATGAA 3 '

Однородность: 100,0%

Длина: 20 нуклеотидов Т т : 44,2 °С GC: 35,0

dH: 150,5 kcal/mol dS: -397,3 cal/mol dG: -30,3 kcal/mol

Обратный праймер:

5 ' TCTCAAGTGAACTGGTTTAT 3 '

Однородность: 100,0 %

Длина: 20 нуклеотидов Tm: 40,9 °С GC: 35,0

dH: 139,1 kcal/mol dS: -367,7 cal/mol dG: -27,7 kcal/mol

Разница Tm: 3,3

Разница GC: 0,0

Опыты по амплификации, поставленные с четырьмя клини

ческими изолятами вируса АБН, показали высокую эффектив

ность использования данных праймеров для обнаружения раз

личных вариантов возбудителя.

На этом первый этап нашей работы заканчивается и сле

дующим этапом идет разработка дискриминирующих тестов,

которые позволили бы узнать, какой именно штамм вируса был

нами диагностирован (обнаружен).

112

Научная электронная библиотека ЦНСХБ