Аграрная наука Евро-Северо-Востока. Т. 21, N 5

ОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИ: РАСТЕНИЕВОДСТВО / ОRIGINAL SCIENTIFIC ARTICLES: PLANT GROWING Аграрная наука Евро-Северо-Востока / Agricultural Science Euro-North-East. 2020;21(5):531-539 533 Tween 20; по 0,2 мM каждого из дезоксири- бонуклеозидфосфатов; 10 пМ праймера; 10 нг матричной ДНК и 1 ед. рекомбинантной термостабильной ДНК полимеразы (Сибэн- зим, Москва). Амплификацию проводили в термоциклере S1000 тм (BioRad, США) при следующих условиях: начальная денатурация при 96 °С в течение 90 сек; затем 35 циклов при соблюдении температурно-временного режима: 94 °С в течение 30 сек; 58-60 °С в течение 40 сек, 70 °С в течение 60 сек; финальная элонгация при 70 °С в течение 120 сек. Температура отжига в диапазоне 58-60 °С была подобрана в соответствии с нуклеотидной последовательностью прайме- ров. Для амплификации использовали прай- меры, последовательности которых приведе- ны в работе [14]. Электрофорез продуктов амплификации проводили в 8 % неденатурирующем полиак- риламидном геле, приготовленном с 1 х ТБЕ буфере, в камере для вертикального электро- фореза (VE-20, ДНК-технология, Россия). Окрашивали гель бромистым этидием. Визуа- лизировали и документировали результаты электрофореза, используя цифровую систему BIO-PRINT (Vilber Lourmat, Франция). Размер фрагментов ДНК в парах нуклеотидов (п. н.) определяли с использованием программного обеспечения системы BIO-CAPTURE (Vilber Lourmat, Франция) относительно маркера дли- ны фрагментов ДНК GeneRuler 100 bp DNA Ladder Thermo Scientific. Дискриминационную силу используе- мой маркерной системы вычисляли по форму- лам, приведенным в работе [14]. Кластерный анализ выполнен Ward методом. Обработка результатов, графическое построение дендро- граммы проведено с помощью пакета про- грамм Statistica 6.0. Результаты и их обсуждение. К насто- ящему времени разработано достаточно боль- шое количество SSR-маркеров генома льна ( Linum usitatissimum L.) [6, 7]. Для оценки возможности их использования в анализе генетического разнообразия коллекции льна ВНИИМК ранее было проведено тестирование 10 маркеров на выборке из 8 образцов [14]. По полученным результатам весь набор, как полиморфный, был использован в качестве системы SSR-маркеров для генотипирования 17 сортов масличного льна. В процессе исследования выявлено 11 локусов, 10 из которых полиморфны. Только локус Lu21 ' для использованных сортов про- явил себя как мономорфный с амплификацией единственного аллеля размером 106 п. н. Суммарное число учтенных аллелей равно 32. Размер аллелей варьировал в диапазоне 111-210 п. н. Число аллелей на локус варьиро- вало от 2 до 6 со средним значением 3,20. Зна- чение индекса полиморфного информационно- го содержания (PIC), которое характеризует дискриминационную силу локуса по числу ал- лелей и относительным частотам их встречае- мости, варьировало от 0,29 до 0,75 со средним значением параметра 0,51. Эффективное число аллелей для разных локусов определено в диа- пазоне 1,40-3,94 со средним значением 2,28. Соответственно, частота встречаемости алле- лей в коллекции была разная. Наиболее высо- кая частота встречаемости наблюдалась для аллели Lu10 155 и составила 0,823. Наименьшая обнаружена у аллели Lu21 132 – 0,059. Получен- ные показатели несколько выше, чем в наших более ранних исследованиях с использованием меньшего количества генотипов [14]. Уровень информативности использованной маркерной системы соответствует таковому для микроса- теллитных маркерных систем, которые использовались для идентификации наборов генотипов из коллекций с ограниче- нием в географическом происхождении [2, 11]. Показатели информативности использованной маркерной системы приведены в таблице 1. Дискриминационный потенциал исполь- зованной маркерной системы дал возможность для 17 использованных генотипов определить 16 аллельных сочетаний. Идентичным аллель- ным составом по использованному в качестве инструмента для исследования набору локусов обладали образцы ВНИИМК 620 и ВНИИМК 620 ФН. Происхождение этих сортов объясняет их высокое генотипическое сходство, так как сорт ВНИИМК 620 ФН выведен методом мно- гократного индивидуального отбора из сорта ВНИИМК 620 [15]. Аллельный состав исследо- ванных образцов представлен в таблице 2. При анализе аллельного состава выявле- ны образцы, аллельный состав которых по всем локусам был гомогенный (по одной аллели на локус): Нилин, ВНИИМК 620 и ВНИИМК 620 ФН. Большая часть образцов проявила гетерогенность (более одной аллели) Элект онная Научная СельскоХозяйств нная Библиотека