NED373393NED

58 Болезни сельскохозяйственных животных вставки 12 нуклеотидов в начале трейлерной области (рис. 2). Вставка представляет собой точную дупликацию 12 нуклеотидов, захватывающих 8 нуклеотидов универсального для всех генов 3’-конца нетранслируемой области (НТО) гена L, включая все 6 нуклеотидов поли-А [17], и первые 4 нуклеотида трейлерной области. Достоверность вставки доказывает ее секвенирование для двух независимо полученных фрагментов и трех прай- меров как в прямом, так и в обратном направлении. L >< Trailer 15080 ....|....|....|....|....|....|....|....|.... DQ097393_DE-R49/99 Cl.I A T C A TT A G AAAAAA C TT A ------------ AA T C T G T C AAA C TT A AY562991_chicken/N_Ireland/Uls I T A T G TT A G AAAAAA G TT G ------------ T A C T CC G A CCC TTT A JF950510_LaSota II T A T G TT A G AAAAAA G TT G ------------ AA CCC T G A C T CC TT A EF201805_Mukteswar III C A T A TT A G AAAAAAA TT G ------------ AA TT CC G A CCC TTT A FJ436302_F48E8 IX C A T A TT A G AAAAAA G TT G ------------ AA C T CC G A CCC T C T A AY741404_Herts/33 IV C A T A TT A G AAAAAA G TT G ------------ AA T CCC G A CCC TTT A AY562986_anhinga/US/Fl/44083/9 V T G T A TT A G AAAAAA G TT G ------------ AA TT CC G A TT C TTT G AF431744_ZJ1 VII C A G A TT A G AAAAAA G TT A ------------ AA TT CC G A C T C TTT G NDV/Pi/Rus/Kemerovo/762-2/05 VIb1 C G T A TT A G AAAAAA G TT AA G AAAAAA G TT AAA TT C T G A T CC TTT G AY562988_chicken/US/CA/1083/Fo VIa C A T A TT A G AAAAAA G TT G ------------ AA TT CC G A TT C TTT G AJ880277_PPMV-1/Italy/227/82 VIb1 C G T A TT A G AAAAAAA TT A ------------ AA TT C T G A T CC TTT G GQ429293_dove/Italy/2736/00 VIb1 C A T A TT A G AAAAAA G TT A ------------ AA TT C T G A T CC TTT G JF827026_Pi/Rus/Vladimir/687/0 VIb2 T G T A TT A G AAAAAA G TT A ------------ AA TT C T G A TT C TTT G JF827027_Pi/Rus/Kemerovo/0267/ VIb2 T G T A TT A G AAAAAA G TT A ------------ AA TT C T G A TT C TTT G Рис. 2. Фрагмент выравнивания нуклеотидных последовательностей генома изолята Pi/Rus/Kemerovo/762-2/05 и ряда референтных штаммов ВНБ на участке границы нетранслируемой области гена L и начала трейлерной области со вставкой 12 нуклеотидов в последовательности Pi/Rus/ Kemerovo/762-2/05 Показана граница гена L и трейлера. Снизу подчеркнут участок, претерпевший дупликацию. Позиция фрагмента указана для последовательности Pi/Rus/Kemerovo/762-2/05. В литературе описаны две вставки в геноме ВНБ, которые имеются во многих изученных последовательностях и являются генетическими марке- рами крупных филогенетических групп ВНБ [5, 9, 21, 22]. Вставка 6 нук- леотидов в 3’-НТО гена NP (после позиции 1647) характерна для, так на- зываемых, «новых» генотипов (генотипы V-VIII) класса II. Но наблюдается она и у штаммов и изолятов генотипа IX и нескольких недавних изолятов, выделенных на Мадагаскаре, которые являются производными от распро- страненного до 70-х гг. прошлого века генотипа IV, в настоящее время в других регионах не встречающегося. В соответствии с филогенетической принадлежностью изолята Pi/Rus/Kemerovo/762-2/05 к генотипу VI такая вставка имеется и в его геноме. Вторая вставка из 12 нуклеотидов в коди- рующей области гена Р характерна для ВНБ класса I и в геноме изолята Pi/ Электронная Научная СельскоХозяйственная Библиотека