NED365343NED

71 электрофоретическом геле, эти коэффициенты (или индексы) преобра- зуют информацию электрофоретических профилей в модели сочетаний или несоответствий. Для примера рассмотрим только три наиболее ши- роко применяемых индекса. Аббревиатура будет использована одна и та же для всех трех рассматриваемых подходов: а — число полос (обозна- ченных единицей) общих для обеих особей; b — число позиций, в кото- рых особь i имеет полосу, а особь j нет; с — число позиций, в которых особь j имеет полосу, а особь i нет; n — общее число полос (как обозна- ченных нулем, так и единицей). Для проведения сравнения между осо- бями используют следующие количественные показатели (формулы): а)коэффициент симилярности Jaccard или индекс Jaccard: J = a /( a + b + c ) (Jaccard, 1908); б) коэффициент простого спаривания или индекс Sokal- Michener: SM = ( n – b – c )/ n (Sokal, Michener, 1958); в) индекс Sørensen- Dice или индекс Nei-Li: SD = 2 a /2 a + b + c (Dice, 1945; Sørensen, 1948; Nei, Li, 1979). Коэффициент Jaccard ( J ) принимает в расчет только поло- сы, присутствующие как минимум у одной из двух особей. Поэтому этот индекс подвержен воздействию гомопластичному (т. е. схожему) отсутствию полос, когда, например, отсутствие одной и той же полосы обусловлено различными мутациями. Коэффициент простого спарива- ния ( SM ) максимизирует количество информации, предоставляемой профилем полос, принимающим во внимание все считываемые (рас- сматриваемые) локусы. Удвоение вариантов присутствия и отсутствия полос имеет то же значение, как и в случае часто встречающейся гомо- плазии отсутствия полос. Индекс Nei-Li ( SD ) удваивает вес полос при- сутствующих у обеих особей и таким образом уделяет больше внимания симилярности, чем диссимилярности. 4.4. Подходы, основанные на подсчете частот аллелей Методы, обсуждаемые ниже, оценивают изменчивость посредст- вом описания изменений в частотах аллелей для какого-либо признака во времени. Использование «присутствия/отсутствия» доминантных данных частот аллелей устанавливается для каждого локуса. Эта страте- гия более ориентирована на оценку изменчивости в популяции, в отли- чие от любого другого подхода, основанного на подсчете и анализе электрофоретических полос. Однако данные в этих методах обрабаты- ваются как доминантные для каждого локуса, и поэтому частоты алле- лей доступны только с предварительными предположениями (или до- пущениями), сделанными дополнительно. Более того, эти подходы под- разумевают, что популяция находится в равновесии Харди-Вайнберга (см. выше), а это предполагает что (а) популяция достаточно велика, (б) в ней происходит случайное скрещивание, (в) популяция изолирова- на от других популяций и, наконец, (г) эффекты миграции, мутации и