NED365343NED

55 и сложности матричного (амплифицируемого) генома. Допуская пред- положение, что сайты гомологии праймерам присутствуют в геноме в равных пропорциях, Williams et al. (1993) предлагает следующее урав- нение для вычисления возможного числа амплифицированных ПЦР фрагментов: b = (2000 × 4 –2n ) × C, где b — ожидаемое число фрагментов на праймер, n — длина праймера в нуклеотидах, и С — сложность орга- низации организма (то есть размер генома в парах оснований на гапло- идный геном). Например, для растительных видов, таких, как кукуруза (размер генома 6 × 10 6 т.п.н.), можно ожидать образование 10,9 фраг- ментов при использовании праймера из 10 нуклеотидов при условии на- личия 100%-ной гомологии между праймером и матричной ДНК. Для дрожжей (размер генома 1,6 × 10 4 т.п.н.) при тех же условиях можно ожидать формирование 0,029 фрагментов. Однако, как следует из ре- зультатов многочисленных исследований, число амплифицированных фрагментов на праймер практически не зависит от сложности генома исследуемого организма. Так, растения с большим геномом, такие, как лук или хвойные, не проявляют более сложный характер RAPD ампли- фикации, чем растения со сравнительно небольшим геномом, такие, как, например, томат или Arabidopsis . Уровень плоидности растений для ка- ждого использованного праймера также не оказывает воздействия на число амплифицированных фрагментов. Такая относительная независи- мость числа фрагментов может быть объяснена несоответствием прай- меров геномной нуклеотидной последовательности и их конкуренцией за место (сайт) связывания в геноме. Полиморфизм, выявляемый ПЦР-фингерпринтингом, например, при RAPD анализе, теоретически может явиться результатом несколь- ких типов событий: 1) вставка большого (в несколько десятков т.п.н.) фрагмента ДНК между двумя сайтами прикрепления праймеров может послужить причиной амплификации (или наоборот невозможности ам- плификации) большего по размерам фрагмента, чем того следовало бы ожидать, и, как следствие, «выпадение» такого фрагмента при электро- форетическом анализе выявляемого полиморфизма; 2) делеция (всего или его части) одного из двух или обоих сайтов прикрепления прайме- ров в геномной ДНК также приводит к потере полиморфного ПЦР- фрагмента; 3) замена нуклеотида может привести к изменению гомоло- гии между праймером и сайтом его прикрепления, повлиять в результа- те этого на связывание праймера с сайтом прикрепления, что, в свою очередь, приведет к появлению/отсутствию полиморфизма и/или изме- нению размера амплифицированного фрагмента; 4) вставка или делеция небольшого (до нескольких сотен п.н.) фрагмента ДНК, расположенно- го между сайтами прикрепления праймеров, может приводить к измене- нию размера амплифицированного фрагмента. Однако на практике из-