NED365343NED

54 нований. Исходя из относительного взаиморасположения этих двух час- тей, возможны два типа праймеров (рис. 3.8). При проведении ПЦР с такими праймерами одновременно будут амплифицироваться не- сколько ДНК фрагментов прилежащих к SSR, причем эти фрагменты, как правило, весьма полиморфны. Данный метод уже нашел свое при- менение в генетических исследованиях растительных организмов (Godwin et al., 1997). Особенно часто его используют для изучения гене- тического разнообразия и в популяционной генетике растений, а также когда нет доступной информации о первичной последовательности ДНК (Culley, Wolfe, 2001). NN[CA]n [CA]nNN NNNNNCACACACACACANNNNN NNNNNTGTGTGTGTGTGTGTGNNNNN NNNNNGTGTGTGTGTGTNNNNN .. NNNNNACACACACACACACACNNNNN NN[CA]n [CA]nNN А Б Рис. 3.8. Принцип ISSR анализа Если произвольные основания праймера находятся на его 5´ -конце, то в этом случае получается ампликон А . Если же произвольные основания находятся на 3´ -конце праймера, то тогда получается продукт Б (по Zietkiewicz et al., 1994). 3.7. Теоретические основы ПЦР-фингерпринтинга Для получения амплифицированного продукта только лишь с од- ним случайным (неспецифичным) праймером, амплифицируемая ДНК должна содержать две идентичных (или высоко гомологичных) после- довательности, находящихся на небольшом расстоянии друг от друга. Одна их таких последовательностей должна находиться на одной нити, а другая — на другой нити ДНК в противоположном направлении отно- сительно первой последовательности. Расстояние между этими после- довательностями не должно превышать нескольких тысяч пар основа- ний, поскольку небольшие короткие фрагменты амплифицируются бо- лее легко и эффективно, чем более длительные фрагменты. Число фраг- ментов, которое можно теоретически ожидать при амплификации с од- ним праймером, имеющим 100%-ную гомологию к сайтам на подлежа- щей амплификации ДНК, может быть высчитано из длины праймера