NED365343NED

38 3.3. Полиморфизм длин рестриктных фрагментов В конце 1960-х годов Linn и Arber (1968) выявили, что ферменты рестрикции, известные также как рестрикционные эндонуклеазы, рас- щепляют (или «переваривают») неметелированную ДНК по коротким специфичным нуклеотидным последовательностям или сайтам, назы- ваемым сайты рестрикции . Сайты рестрикции обычно включают чет- ное число пар оснований (4, 6 или 8, иногда больше), как правило, упо- рядоченные в виде палиндромов, т.е. в виде двунитевой последователь- ности ДНК, в которой одинаковые основания расположены в противо- положных направлениях (табл. 3.1). 3. 1. Наиболее часто используемые рестриктные ферменты а Фермент Сайт рестрикции до действия фермента после действия фермента Apa I 5´... GGGCCC ...3´ 3´... CCCGGG ...5´ 5´... G GGCCC ...3´ 3´... CCCGG G ...5´ Cla I 5´... ATCGAT ...3´ 3´... TAGCTA ...5´ 5´... AT CGAT ...3´ 3´... TAGC TA ...5´ Bam HI 5´... GGATCC ...3´ 3´... CCTAGG ...5´ 5´... G GATCC ...3´ 3´... CCTAG G ...5´ Dra I б 5´... TTTAAA ...3´ 3´... AAATTT ...5´ 5´... TTT AAA ...3´ 3´... AAA TTT ...5´ Eco RI 5´... GAATTC ...3´ 3´... CTTAAG ...5´ 5´... G AATTC ...3´ 3´... CTTAA G ...5´ Eco RV б 5´... GATATC ...3´ 3´... CTATAG ...5´ 5´... GAT ATC ...3´ 3´... CTA TAG ...5´ Hind III 5´... AAGCTT ...3´ 3´... TTCGAA ...5´ 5´... A AGCTT ...3´ 3´... TTCGA A ...5´ Pst I в 5´... CTGCAG ...3´ 3´... GACGTC ...5´ 5´... C TGCAG ...3´ 3´... GACGT C ...5´ Pvu II б 5´... CAGCTG ...3´ 3´... GTCGAC ...5´ 5´... CAG CTG ...3´ 3´... GTC GAC ...5´ Sma I б 5´... CCCGGG ...3´ 3´... GGGCCC ...5´ 5´... CCC GGG ...3´ 3´... GGG CCC ...5´ Xba I 5´... TCTAGA ...3´ 3´... AGATCT ...5´ 5´... T CTAGA ...3´ 3´... AGATC T ...5´ Xho I 5´... GAGCTC ...3´ 3´... CTCGAG ...5´ 5´... G AGCTC ...3´ 3´... CTCGA G ...5´ а — более полные списки рестриктных ферментов можно найти на сайтах фирм производи- телей или поставщиков (см., например, www.fermentas.com или www.helicon.ru ); б — в отличие от других ферментов, которые при разрезании образуют так называемые «липкие концы», ферменты Dra I, Eco RV, Pvu II и Sma I образуют «тупые концы»; в — если 5´ -цитозины метилированы, то Pst I не разрезает данный сайт рестрикции. Это свойство используют для построения геномных библиотек насыщенных последова- тельностями с редкими или умеренными повторами.